2010年11月

药交所被评为“中国十大最具影响力医改新举措之一”；

2011年9月

科技部将药交所“医药云服务平台”建设列入国家“十二五”科技支撑计划；

2012年8月

国家发改委批准药交所为国家医药流通全程电子商务全国试点；

2012年11月

通过国务院部际联席会议批准，取得交易所资质；

2013年8月

获得国家食药监总局颁发的《国家互联网药品交易服务资格证书》（A类）；

2013年12月

国务院国资委、工信部授予药交所国家级企业管理现代化创新成果二等奖。该项目同时获得重庆市企业管理现代化创新成果一等奖。